Junya Ishigami nació en la prefectura de Kanagawa, Japón, en 1974. Estudió en el Instituto de Tecnología de Musashi entre 1994 y 1998 y, posteriormente, completó su formación en la Universidad Nacional de Bellas Artes y Música de Tokio, donde cursó estudios entre 1998 y 2000. Tras graduarse, trabajó para Kazuyo Sejima + Associates (SANAA) entre 2000 y 2004. Ese mismo año fundó su propio estudio de arquitectura, Junya Ishigami + Associates.
A lo largo de su carrera, Ishigami ha cuestionado las concepciones convencionales de la arquitectura. Su enfoque le permite trabajar al margen de las tendencias dominantes, los principios establecidos y las definiciones tradicionales, creando nuevas estructuras y espacios y proponiendo formas alternativas de organizar el entorno. A través de sus proyectos, busca transformar radicalmente los modos de vida asociados a la arquitectura moderna y enriquecerlos con nuevos valores.
Entre sus primeros proyectos se encuentran Table, realizado en Tokio en 2005, y T Project, que obtuvo el primer premio en un concurso de arquitectura residencial patrocinado por la Tokyo Electric Power Company ese mismo año. A estos les siguieron Balloon, en Tokio, en 2007; KAIT Workshop, del Instituto de Tecnología de Kanagawa, en Kanagawa, en 2008; y la tienda Yohji Yamamoto de Gansevoort Street, en Nueva York, en 2008. Entre sus otras obras destacadas se encuentran el Pabellón de Japón para la 11.ª Bienal de Arquitectura de Venecia, en 2008; Art Biotop Water Garden, en Tochigi, en 2018; el Pabellón de la Serpentine, en Londres, en 2019; KAIT Plaza, en Kanagawa, en 2020; House & Restaurant, en Ube, en 2022; y el Museo de Arte Zaishui, en Rizhao, China, finalizado en 2023.
La obra de Ishigami ha recibido un notable reconocimiento internacional. En 2004, Low Chair y Round Table fueron adquiridas por el Centro Pompidou. En 2005 recibió el Premio SD por Small Garden of a Row House, el Premio Kirin por Table y el primer premio del concurso de arquitectura residencial por T Project. En 2006, Table fue presentada por la Galería Koyanagi en Art Basel y posteriormente adquirida por el Museo de Israel. Más adelante recibió el Premio del Instituto de Arquitectura de Japón por KAIT Workshop en 2009; el León de Oro al Mejor Proyecto en la 12.ª Bienal de Arquitectura de Venecia en 2010; el Premio OBEL por Art Biotop Water Garden en 2019; y el Premio Frederick Kiesler de Arquitectura y Artes en 2024.